Cải cách hành chính của Lê Thánh Tông nhằm giải quyết khủng hoảng thiết chế chính trị diễn ra từ cuối đời Trần với yêu cầu thay thế thiết chế chính trị phong kiến quý tộc Phật giáo bằng thiết chế chính trị phong kiến quan liêu Nho giáo - điều mà Hồ Quý Ly muốn làm nhưng chưa làm được.

Tư duy chỉ đạo (hay như ngày nay nói là “đổi mới tư duy”) của Lê Thánh Tông là nhằm xây dựng một nhà nước pháp quyền vững mạnh.

Cải cách việc phân cấp đơn vị hành chính

Thời Lý - Trần, đất nước còn chia thành “trấn, lộ, phủ, huyện, châu...”. Nếu Lê Thái Tổ chia cả nước làm 3 đạo, Lê Thái Tông chia cả nước làm 5 đạo (còn ở dưới vẫn là lộ, trấn, phủ, châu, huyện, xã, sách, trang, động...) thì đến Lê Thánh Tông (năm Quang Thuận thứ 7 - 1466) đã thay đổi hẳn: Bỏ các đơn vị lộ, trấn.

Năm 1489 đã định rõ quy mô xã: “Định lệnh các xã: Xã nào đủ 500 hộ rồi mà số hộ dư ra lại được 100 trở lên có thể thành một xã nhỏ nữa thì phải báo, rồi xếp lại tâu lên, để xếp thành xã khác, cho thêm rộng bản đồ”. Đồng thời Lê Thánh Tông ra lệnh cho 12 xứ thừa tuyên (không kể Phủ Trung Đô - NV) điều tra hình thế sông, núi, sự tích xưa nay của các nơi trong hạt mình, vẽ thành bản đồ, ghi chú rõ ràng rồi gửi về Bộ Hộ để làm bản đồ địa lý.

Cải cách bộ máy hành chính

Mục tiêu chung là "Nâng cao quyền lực nhà vua, xây dựng nên bộ máy hành chính có hiệu lực, hạn chế đến mức thấp nhất sự phân quyền và sự lộng hành của các công thần". Tư tưởng chỉ đạo được Lê Thánh Tông nêu rõ: “Quy chế trước kia đặt quan phần nhiều lấy quan to, tước cao. Chế độ ngày nay đặt quan đều lương ít, trật thấp. Số quan đặt ra so với trước tăng rất nhiều, nhưng tiền lương chi tiêu so với trước thì vẫn thế. Đã không có người nào ăn hại mà trách nhiệm lại có nơi quy kết, khiến cho quan to, quan nhỏ đều ràng buộc với nhau. Chức trọng, chức khinh cùng kiềm chế lẫn nhau. Uy quyền không bị lợi dụng, thế nước vậy là khó lay. Hình thành thói quen giữ đạo lý, theo pháp luật mà dứt bỏ tội khinh nhân nghĩa, phạm ngục hình".

Thực hiện chủ trương này, nhà vua cho bãi bỏ ngay chức tể tướng (đã từng có người như Lê Sát lộng quyền sát hại nhiều công thần - NV) cùng các chức tả, hữu tướng quốc, bộc xạ, đại hành khiển... Đồng thời đặt ra 6 bộ, mỗi bộ do một thượng thư đứng đầu. Ngoài 6 bộ còn có các viện, các, giám, đài, ty coi sóc các mặt kinh tế, văn hóa, xã hội, pháp luật... Một cơ chế nhà nước pháp quyền văn minh, thịnh trị đã hình thành. Từ đó mà có thể tiến hành cải cách về quân sự, về quản lý kinh tế, tài chính, văn hóa, thi cử, pháp luật... Đặc biệt là coi trọng việc lựa chọn hiền tài bổ sung vào đội ngũ quan lại. Việc lựa chọn hiền tài được tiến hành vừa qua khoa cử, vừa qua tiến cử.

Về khoa cử, nhờ cải cách chế độ thi cử nên trong 38 năm trị vì với 12 khoa thi, Lê Thánh Tông đã chọn được 501 tiến sĩ trong đó có 10 trạng nguyên, mà nhiều người có tài năng đã cống hiến nhiều cho đất nước. Còn về tiến cử thì vừa để không bỏ sót nhân tài, vừa để tuyển chọn được nghiêm minh, nhà vua đã quy định:

"Lục bộ, lục khoa, ngự sử đài mà tiến cử bậy thì chịu tội giáng hay bãi chức, nếu tiến cử được người giỏi thì nhất định sẽ được khen thưởng".

Nổi bật nhất là về cải cách pháp luật để nâng cao pháp trị: Đã làm ra được Bộ luật Hồng Đức còn gọi là Quốc triều hình luật mà cho đến nay các nhà luật học thế giới còn đánh giá cao. Giáo sư luật học trường ĐH Luật Harward, Oliver Oldman, Chủ nhiệm khoa Đông Á đã nhận xét: "Triều đại nhà Lê ở Việt Nam vào thế kỷ đặc biệt của mình (thế kỷ XV - thời kỳ Phục hưng ở châu Âu - NV) đã nỗ lực xây dựng một quốc gia dân tộc vững mạnh để bảo vệ quyền tư hữu hợp pháp của con người thông qua hệ thống pháp luật tiến bộ, trong đó có nhiều điều đã có thể sánh ngang về mặt chức năng với những quan điểm pháp luật ở phương Tây thời cận đại” (The Le Code - Nguyễn Ngọc Huy, Tạ Văn Tài,... Ohio University Press Athens Ohio - London 1987).

Nhìn chung, cải cách hành chính của Lê Thánh Tông đã là nhân tố quyết định tạo nên triều đại phong kiến nhà Lê huy hoàng, thịnh trị nhất trong lịch sử phong kiến Việt Nam. Cuộc cải cách đã để lại cho ngày nay nhiều bài học quý giá.